通常動作を繰り返してる分には問題ないが、装置側の都合で非常停止をかけた後の再稼働1回目が必ず即、測定完了になってしまい正しい波形測定ができない。 X軸=変位入力で、測定開始/測定終了条件は「外部入力のみ」/「強制終了のみ」としている。

非常停止の際にFS2000を測定終了せず、設備側の機械を止めているだけの状態になっていないでしょうか。FS2000の測定(Sampling状態)が継続、変位パルス待ちの事態で、再稼働後に急に変位センサが進むことで波形のフルスケールに到達し、強制終了状態になったと推測されます。
非常停止中のステータス情報が“Sampling”になっていないかご確認ください。(取扱説明書P.6参照)
非常停止をした場合はFS2000にも明示的に「測定終了」または「リセット」を入力して終了処理することをお勧めします。(取説説明書P.22参照)
「測定終了」の場合、途中までの測定波形と判定結果が(NGデータとして)履歴に残ります。
「リセット」の場合、その波形データは破棄して測定開始待ち状態“Wait St.”に戻ります。