DZ(デジタルゼロ)操作後に0.00~0.07の指示値変動があり、また3~5秒周期のうねりがある。(F325)

サーボモータ等のインバータノイズの影響を受けている可能性があります。例えばF325A/D変換速度が3000回/秒でインバータの周波数が3005Hzだとすると、差分5Hzがエイリアシングとして現れている可能性があります。
サーボモータ側も含めたノイズ対策、F.G.や接地箇所の変更、ローパスフィルタでナイキスト周波数より高い成分をカットする等の対策をご検討ください。