オムロン社製ソフト NetworkConfiguratorで表示される設定一覧からFS2000の設定を変更することは 可能でしょうか?

EtherNet/IPの仕様上は設定可能ですが、弊社から入力規則の詳細仕様を公開していないため、実際には変数指定できません。
EtherNet/IP通信経由で設定変更したい場合はFS2000用EtherNet/IP専用取説に記載されているメッセージ通信機能を使って設定を読みだし/書き込みしてください。なおFS2000本体への手動設定とEtherNet/IPによる設定は後から書き込んだ内容に上書きされ有効になります。