X軸を変位計直結では無く、一旦PLCに取り込んで演算処理したパルスをFS2000に入力させたいが可能か? パルスのON/OFF時間の最短値は?

PLCで生成するパルスを入力する場合はFS2000_MLTが必要です。またPLC側出力ユニットの出力段回路仕様はオープンコレクタNPN型、Vceo=5V以上、Ic=10mA以上が必須です。
(FS2000_MLT用取扱説明書P.16参照)
変位入力の内部カウンタの最大入力周波数は1MHzです。仕様上は1µs/2=0.5µsがON/OFFの最短時間になりますが、ばらつきがあるとカウントの取りこぼしが発生する可能性があります。
具体的には1相当たりのON/OFFのDUTY比を正確に50%でキープすることと、A相とB相の位相差も1/4パルス(周期)に揃えてください。
(FS2000_MLT用取扱説明書P.34、P.110参照)